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抗体特异性验证策略

在一项新的研究中,国际抗体验证工作小组(International Working Group on Antibody Validation, IWGAV),即一个由在蛋白生物学领域有着不同研究兴趣的国际科学家组成的独立小组于2016年9月5日宣布在Nature Methods期刊上在线公布了他们开发出的初步策略来解决抗体特异性、功能性和可重复性方面至关重要的未被满足的需求。IWGAV旨在为抗体制造者和使用者进行抗体验证而提出策略建议。尽管抗体在科学研究中是最为频繁使用的工具之一,但是还没有一种...

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Bac-to-Bac昆虫杆状病毒表达系统原理说明

Bac-to-Bac昆虫杆状病毒表达系统可以快速、高效的制备重组杆状病毒,该系统依赖一个位点特异性的转座将一个完整的表达元件重组到杆状病毒的穿梭质粒上(bacmid)。该系统主要包含以下几个部分:pFastBac载体:包含杆状病毒特异的启动子,在其下游插入目的基因后形成一个完整的表达元件。这个表达元件届时会以转座子的形式插入到穿梭质粒上。DH10Bac菌株:包含一个杆状病毒穿梭质粒(bacmid),一个辅助质粒。辅助质粒表达转座酶,帮助完成转座过程。DH10Bac的基因型为:F– mcrA Δ(...

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常用测序通用引物大全

下面是我们从网上搜集的最全的常用测序通用引物列表:测序通用引物列表引物名称序列(5'→3')描述3'AOX1GCAAATGGCATTCTGACATCCFor Pichia vectors with AOX1 terminator, reverse primer5'AOX1GACTGGTTCCAATTGACAAGCFor Pichia vectors with AOX1 promoter, forward primerPolyhedrin forwardAAATGA...

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Pubmedy:显示影响因子+引用数、Sci-hub全文下载的浏览器扩展

好久没有更新博文了,今天就正式的来一发。这一发主要内容是一款浏览器扩展的介绍,名字叫Pubmedy。Pubmedy是我写的第一个浏览器扩展,功能主要有在Pubmed上显示杂志的影响因子和文章引用数,显示Sci-hub全文下载链接和一键生成AMA格式的引用。一.杂志的影响因子,文章引用数等这些数据显示在哪里?杂志的影响因子,文章引用数, Sci-hub全文下载链接和一键生成AMA格式引用的按钮主要显示在Pubmed上的两个地方。一个是Pubmed的搜索结果页面:另外就是文章摘要显示页面,如下图:二...

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目前常用的蛋白共表达策略

目前常用的蛋白共表达策略有:1. 多启动子表达载体在同一个载体中插入多个独立的转录单元,每个转录单元有自己的启动子和ORF。缺点是基因表达水平不平衡,在某些细胞系中。启动子之间产生干扰,甚至发生基因重排,而且转录单元数有限制。2. 剪切载体利用同一个启动子,形成一个完整的转录本;初级转录本在剪切信号处断裂形成独立的次级mRNA,分别翻译成不同的蛋白。缺点是剪切信号机制不清楚,很难控制,该方法不常用。3. 融合蛋白将多个蛋白顺序连接,在同一个启动子的转录下,形成一个完整的转录本。翻译成一个融合蛋白...

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FLAG标签和3xFLAG标签的序列

FLAG标签是是常用的用于检测过表达蛋白的标签。常用的形式有FLAG和3xFLAG,常见的氨基酸序列为:FLAG:氨基酸序列:DYKDDDDKDNA编码序列:GATTACAAGGACGACGATGACAAG3xFLAG--第一种形式:氨基酸序列:DYKDDDDKGDYKDDDDKIDYKDDDDKDNA编码序列:GATTACAAGGATGACGACGATAAGGGAGATTACAAGGATGACGACGATAAGATCGATTACAAGGATGACGACGATAAG3xFLAG--第二种形式:氨...

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正向转染和反向转染的区别是什么?

在siRNA转染实验中,总是能看到正向转染和反向转染,那么到底什么是正向转染,什么是反向转染呢?两者的区别是什么?反向转染操作流程中,siRNA先加入到培养板中,然后加入转染试剂,复合物形成后再加入细胞。正向转染相反,正向转染是先将细胞加入培养板然后再加转染复合物。 也就是说,把细胞加到复合物中,那么就是反向转染;把复合物加到细胞中就是正向转染。反向转染已被广泛使用,尤其在高通量实验中,因为反向转染可以简单地被自动化,且siRNA可被储存在培养板中,无需使用另外的板形成siRNA-转染试剂复合...

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遗传密码轮及氨基酸性质

遗传密码轮(codon wheel)最里一层表示密码子的第一位,依次往外分别是第二位和第三位。括号中的单字母表示相应氨基酸的缩写。氨基酸分类性质表:氨基酸单字母亲疏水性带电性pKa, NH2pKa, COOHpK(R)可溶性ArginineR亲水+9.092.1813.271.8AsparagineN亲水N8.82.022.4AspartateD亲水-9.61.883.650.42GlutamateE亲水-9.672.194.250.72GlutamineQ亲水N9.132.172.6Lysin...

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蛋白晶体没有衍射怎么办?

蛋白长出晶体后,有时候会发现没有衍射,可能的原因及应对方法如下:a. 可能蛋白结构高度灵活,因此结构不均一。可以尝试筛选配体、添加剂、辅因子和其他小分子或者大分子能帮助蛋白呈现更加刚性的构象。b. 由于蛋白质发生了酶修饰、部分脱氨、部分氧化或者其他翻译后修饰导致样品的非均一性。从蛋白表达、溶解、纯化一直到结晶来分析哪些因素可能会导致您的蛋白样品会发生上述修饰。如果您的蛋白是个酶,那么结合上抑制剂或者配体,可以使得酶变得更加刚性和构象均一。尽量减少从蛋白表达到蛋白结晶的步骤数。c. 如果晶体在种下...

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常用蛋白酶酶切位点及融合标签去除策略

目前主要通过4种方法移除多肽标签,即化学法、内切蛋白酶法、外切蛋白酶法以及基于内含肽的自我剪切法.化学法最常用的便是溴化氰(CNBr)法,原理是CNBr能断裂甲硫氨酸和下游氨基酸残基之间的肽键(Met-X, X为任意氨基酸)。化学法具有效率高、耗时短、成本低等优点。化学法也有很多不足,例如化学法所需的反应条件容易破坏目标蛋白的结构和功能,而且所使用的溴化氰等试剂具有毒性,不适合药用蛋白的处理及研究。化学法使用的溴化氰能够使蛋白质在甲氨酸残基处断裂,如果目标蛋白含有内源甲氨酸残基,会发生非特异性断...

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