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AutoDock实例教程

本文讲述大分子受体与小分子配体的分子对接过程。只是记录一遍流程,该扩展的地方如果有空再写文详述。1.软件安装及工作目录创建下载安装包MGLTools1.5.6(当前版本,2017年12月16日),按照提示安装即可。注意安装的时候地址中不要含有中文,以免不可知的问题。安装好之后,在安装目录下找到adt.bat,右键发送一个快捷方式到桌面。比如安装目录为:D:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute ,那么adt.bat文件则位...

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X射线晶体学之常见问题

1. 蛋白质修饰如糖基化会不会影响蛋白结晶?在蛋白结晶过程中,糖基化一般被认为会影响蛋白的均一性和表面熵,从而阻碍蛋白结晶。但是也有实验表明糖基化不会影响蛋白质结晶(10.1021/cg7006843),应该无差别对待。如果糖基化蛋白不能形成晶体,那么就应该尝试将糖链给去掉。有好几种方法可以去掉糖侧链:1)先用PNGase去掉所有的N-连接的糖;2)然后再用内切糖苷酶,如Endo F1, F3, Endo H这些进行消化,它们会在Asn残基上留下一个GlcNAc;3)如果内切糖苷酶不起作用,那么...

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微卫星不稳定性MSI/MMR(错配修复)

MSI/MMR检测可用于有效地评估PD-1单抗免疫治疗在癌细胞治疗中的效益。MSI(Microsatellite instability,微卫星不稳定性),是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的微卫星序列长度改变的现象,常由错配修复(MMR)功能缺陷引起。MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直肠癌中首次发现,与癌症发生有关,可用于癌症检测。微卫星序列(MS),又称简单重复序列(SSR),是一些短而重复的DNA序列,一般由1-6个核苷酸组成,串联重复排列,常见类型为双碱基CA/GA或单...

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蛋白质结构与功能研究技术路线

蛋白质参与行使几乎所有的细胞功能。为了行使其特定的功能,蛋白质必须折叠成特定的结构。蛋白质结构研究可帮助对其功能机制的深入理解,也可帮助进行药物筛选及设计优化。蛋白质生物化学功能主要有结合、催化、分子开关以及细胞骨架等。哺乳动物细胞中蛋白质超过一半是酶。蛋白质结构的稳定性是其发挥生物功能必需的,三级结构由非共价和共价两类相互作用稳定,其中非共价相互作用为主。下表是稳定蛋白质结构的化学相互作用。键名键长键能共价键(C-C)共价键(C-C)356kJ/mol610kJ/mol(C=C双键)二硫键2....

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抗体制备常用表达系统

从目前的趋势推断,未来抗体及抗体衍生物分子将占据生物治疗药物的1/3以上。用于治疗用途的单抗药物的生产将会是表达系统的开发及优化的主要驱动力。市场上绝大多数的全长单抗都是用哺乳动物细胞生产的,主要是CHO细胞(中国仓鼠卵巢细胞)或者CHO衍生的工程细胞。这个平台已经成熟,通过复杂的筛选过程和通过昂贵培养基的驯化,几乎可以将抗体表达量推向了细胞的生理极限。然而,哺乳动物细胞能否依然保持其优势主导地位,未来依旧不可知。尽管如此,生物仿制药的出现将推动建立低成本、高扩展性的新型表达平台。其他抗体生产手...

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常用蛋白标签、序列及特性总结

常见表位标签和序列标签蛋白质序列FLAGDYKDDDDK3 x FLAGDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDKHAYPYDVPDYAHisHHHHHHHSVQPELAPEDPEDMycEQKLISEEDLV5GKPIPNPLLGLDSTXpressDLDDDDK或DLYDDDDKThrombinLVPRGSBAD(生物素受体域)GLNDIFEAQKIEWHEFactor XaIEGR或IDGRVSVGYTDIEMNRLGKSV40 NLSPKKKRKV或PKKKRKVGProtein CED...

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PDB文件数据格式详解

PDB(Protein Data Bank)是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给 Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式. 这里整理网上已有的一些资料, 对PDB格式做个简短介绍. 对大多数用户而言, 了解这些内容就够了, 但对那些需要创建PDB文件的用户, 请参考PDB格式官方文档.完整的PDB文件提供了非常多的信息, ...

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快速载体选择工具

#vector-selection-filter input, #vector-selection-filter select{ padding:0; border-radius:unset; } 在线载体选择工具 该工具可以从表达宿主,启动子,细菌抗性,筛选标记,质粒拷贝数,融合标签等方面进行快速的载体选择。可以在下表的第二行输入相应参数进行快速的载体过滤。 载体名称 表达系统 ...

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单个B 细胞PCR扩增抗体制备技术

目前单克隆抗体制备技术有杂交瘤技术、EBV 转化B 淋巴细胞技术、噬菌体展示技术、转基因小鼠技术以及单个B 细胞抗体制备技术等。传统的鼠杂交瘤单克隆抗体技术的基本过程是将来源于免疫接种过的小鼠的B 细胞与骨髓瘤细胞融合,继而筛选出既能无限增殖又能分泌抗体的鼠杂交融合细胞,但是这种方法得到的鼠源抗体免疫原性高、半衰期短,往往临床疗效不显著。即使是对鼠源单克隆抗体进行完全人源化的基因工程改造,也不可能完全消除鼠源单抗的免疫原性,对临床疗效的改善依然有限。人杂交瘤技术是在鼠杂交瘤技术的基础上发展的一种...

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2017年杂志SCI影响因子EXCEL/PDF版下载(2018年6月26日公布)

2018年6月26日刚刚发布了2017年杂志影响因子(SCI impact factor), 该影响因子反映的是2015和2016年该杂志上发表文章的引用情况。点击下载最新杂志影响因子(EXCEL版),PDF版下面针对一些大家关心的期刊谈一谈影响因子的变动与走势。榜单上的前20名,似乎变动总是很小,偶尔变一下大家也不care,有谁去在意CNS是多了1分还是少了1分呢?即便三者中间某杂志的分数比他们的子刊还低,大家还是会觉得正刊好。说到CNS子刊,今年有几个杂志还是值得注意的。Cell Metab...

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