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2017年杂志SCI影响因子EXCEL/PDF版下载(2018年6月26日公布)

2018年6月26日刚刚发布了2017年杂志影响因子(SCI impact factor), 该影响因子反映的是2015和2016年该杂志上发表文章的引用情况。点击下载最新杂志影响因子(EXCEL版),PDF版下面针对一些大家关心的期刊谈一谈影响因子的变动与走势。榜单上的前20名,似乎变动总是很小,偶尔变一下大家也不care,有谁去在意CNS是多了1分还是少了1分呢?即便三者中间某杂志的分数比他们的子刊还低,大家还是会觉得正刊好。说到CNS子刊,今年有几个杂志还是值得注意的。Cell Metab...

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冷冻电镜技术发展和样品制备要求,实验流程

严禁转载! 冷冻电镜目前如日中天,今天,单粒子冷冻电镜已经不再是结构生物学领域的一种互补技术,而是逐渐成为了一种主导技术,以深刻和前所未有的方式改变结构生物学领域,促进并引领着重大新发现。今天,本文就试图从PDB数据库中一些冷冻电镜结构数据出发,来对冷冻电镜技术做一点简单的阐述。全文分6个部分来阐述:1.概述;2.冷冻电镜的发展状况;3. Cryo-EM蛋白结构分辨率的变化情况;4. 用于蛋白结构研究的冷冻电镜的主流配置;5.    冷冻电镜蛋白...

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多肽保存和溶解指南

一.多肽的保存多肽保存指南:冻干粉形式的多肽,经密封包装可在常温条件下稳定运输,溶解状态的多肽不宜长期保存。需要长期保存的多肽,应以冻干粉形式存放在含有干燥剂的密封容器内,置于-20°C保存,-80°C效果更好,可以最大限度地避免多肽降解,避免了被细菌降解和氧化,也可以避免二级结构的形成。大多数肽用这种储存方式可以使多肽保存半年以上,稳定性差一些的多肽一般也可以保存3个月以上。打开包装: 在打开包装和称重前,请先将多肽在干燥器中平衡至室温。因多肽往往具有吸湿性,未经平衡到室温的多肽在打...

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不对称单元与晶胞,生物单元概念解析

不对称单元(Asymmetric Unit)是晶体学中的一个概念。定义是:在空间群的对称操作作用下,可以产生出晶胞中全部源自的最少数目的原子或原子团,就叫做不对称单元或不对称单位,也就是晶体学独立单元。也就是说不对称单元可以通过对称操作形成晶胞。我们从PDB数据库上下载的原子坐标文件就是其实是一个不对称单元中的原子数据。 那么什么是晶胞呢? 晶胞(unit cell):晶体中重复出现的最基本的结构单元。晶胞都是平行六面体,整块晶体可看作是数量巨大的晶胞“无隙并置”而成。所谓“无隙”,是指相邻...

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教程:用AutoDock Vina进行分子对接

之前我们用了AutoDock 4写了个实例教程,教程地址:http://www.novopro.cn/articles/201712271167.html 今天我们就用一个号称精度更高,对接速度更快的软件AutoDock Vina做一个案例讲解。 这图表示用AutoDock4对接的话,有50%的概率是比较准的,还有50%的概率不太准。而用AutoDock Vina对接的话,比较准(衡量的标准是RMSD<2埃)的概率提高到了78%。备注:RMSD衡量的是预测结果与真实结果中原...

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酶活性位点催化残基特征分析

Bartlett等人分析了178个酶(有结构报道)及他们的催化残基特征,并总结成文。催化残基定义:1. 直接参与催化,比如作为亲核试剂的残基.2. 对另外一个直接参与催化的残基或者水分子施加影响的残基(例如静电或者酸碱作用)。3. 稳定过渡态中间体的残基。4. 对底物或者辅因子施加影响,从而辅助催化。比如极化作用。平均每个酶有3.5个催化残基。残基的分布频率及所在的二级结构特征在所有催化残基中,有65%的残基是带电氨基酸(H, R, K, E, D),有27%的残基是极性氨基酸(Q, T, S,...

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免费开源版(非Edu版)PyMOL安装教程

估计很多人担心Pymol是商业软件而不敢使用,我们先看pymol官网的一句话,PyMOL: A molecular visualization system on an open source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外,其他都是需要付费购买的。目前从网络上...

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教程:Pymol, Chimera预测点突变蛋白结构

单个氨基酸的变化有可能会剧烈的影响蛋白的活性和功能,除了通过X-ray实验的方法以外。用软件来预测点突变蛋白的结构,解释其功能的变化/无变化,是最常见的蛋白结构分析的工具。接下来我们会通过一个实际的点突变例子来介绍操作方法。范例蛋白名称:BARNASE, 点突变E73WWT蛋白PDB编号:1b27序列:>1b27:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEAQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGKLPGKS...

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多肽序列转SMILES及格式转换、RDKit安装及简单使用

我们在做分子对接,特别是蛋白与多肽小分子对接的时候需要准备多肽分子的结构文件才能用于后续的对接操作。我们可以利用ChemDraw等软件来完成这个操作,但是这类软件一般都是商业软件,需要付费。为此,前不久我们写了一款在线工具,用来在线免费的将多肽序列转换成SMILES,有了SMILES就很容易转换成.sdf或者pdb等格式了。这款在线工具支持20种L型自然氨基酸以及D型氨基酸,同时支持各种成环方式,包括首尾成环,二硫键成环等7种成环方式。在线工具地址:多肽序列转SMILES用法很简单,可以参考页面...

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