运行pymol的align命令时报错：Match-Error: unable to open matrix file '/usr/lib/python2.7/dist-packages/pymol/data/pymol/matrices/BLOSUM62'.经查询/usr/lib/python2.7/dist-packages/pymol/文件夹下不存在data目录，而且BLOSUM62也确实存在，不过位置是在：/usr/share/pymol/data/pymol/matric...

1. X射线晶体衍射解结构需要的软件：1.1 原始数据处理：HKL3000、 MOSFLM 、 XDS等1.2 解结构：CCP4, COOT, Phenix, CNS，ARP/wARP等2. 冷冻电镜重构需要用到的软件：2.1. 图片格式转化：IMOD；2.2. 矫正卷积：Motioncorr；2.3. 去未对焦偏移图片：CTFFFIND3 2.4. 选择范围，组装处理：RELION 2.5. 结构组装：UCSF Chimera3. 蛋白结构预测用的在线工具：推荐使用：I-T...

IC50：半抑制浓度(或称半抑制率)，即IC50，对指定的生物过程（或该过程中的某个组分比如酶、受体、细胞等）抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度。药学中用于表征拮抗剂（antagonist）在体外实验（in vitro）中的拮抗能力。pIC50：pIC50=-log(IC50)EC50：是指在特定暴露时间后，能达到50%最大生物效应对应的药物、抗体或者毒素等的浓度。药学中除了用于表征体外实验中（in vitro）激动剂（agonist）的激活能力外，还可用于表示达到体内（in vivo）最大生...

在蛋白与蛋白对接软件中，有两款基于快速傅里叶转换（FFT）的刚性对接软件：ZDOCK和PIPER。由于在线版的ZDOCK不会用到ZRANK重排序和聚类分析，我们就以ZDOCK为基础，结合ZRANK和聚类分析看看对挑选模型有没有帮助。 目标模型：6JBT，是PD-1与Fab的复合物结构，分辨率：2.47Å 计算过程： 从6JBT模型中分离Fab与PD1，分别保存为lig.pdb和rec.pdb。对抗原和抗体分子进行处理（去HETAT...

Autodock Vina和DOCK6是两个广泛应用的开源免费分子对接软件，有着相当高的准确性。Rosetta是计算生物学皇冠上的一颗璀璨明珠（State of Art），也是人类通往全新蛋白设计的巴别塔，实力自然不容小觑。我们就简单的比较下Vina、DOCK6和Rosetta三款软件用于蛋白与小分子对接的准确性。对接的难度随着可旋转键数的增加而呈指数级增加。假设配体分子每个旋转键有3种可能的状态，那么25个旋转键将会产生8.5*10^11种可能构象，在有限的计算资源和时间内搜索到较优构象的概率...

在Ubuntu 18.04 TLS 64位系统运行一个程序时报错：没有那个文件或目录(no such file or directory) 通过如下两行命令看看问题出在哪： file OldProgramNameHere 返回： create_multimer: ELF 32-bit LSB executable, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked, interpreter...

已有研究表明，新型肺炎冠状病毒3CL水解酶可能成为抗新型冠状病毒药物的一个研究靶点。针对2019-nCov Mpro我们试图通过虚拟筛选寻找潜在抑制剂。 本文数据打包下载 用到的软件 Autodock Vina，Pymol 结构建模 2019-nCov Mpro蛋白序列： SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIR ...

SwissSidechain包含了230种非标准氨基酸的gromacs和CHARMM的拓扑文件。在引入非标准氨基酸突变及分子动力学模拟中有极大的应用。为了方便查阅SwissSidechain的残基缩写所指代的真正内容，故整理下表： 缩写 指代内容 ...

研究蛋白点突变带来的结构改变，最好的自然是通过实验手段得到突变蛋白的结构。但是初期的研究，或者无法实验得到结构的蛋白，各式在线工具都可以方便的进行分析和预测，不需要学习专业的软件就可以得到非常漂亮，直观的数据。 本文以human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7)，V55F点突变为例子，通过8大类在线工具，全方位分析突变可能的影响。 第一类，预测点突变是有害突变还是中性。 注意只能用于SNP错义突变，其他比如缺失，插入...

我们继续来花式研究human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7)，V55F点突变对蛋白功能的影响。所采用的结构为PDB: 5JDS第三类，获取突变蛋白的结构文件及综合分析3.1 Missense3D网站：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/还是同样的填PDB编号或者上传5JDS.pdb结构文件，3分钟以后就得到了突变蛋白结构，可以直接下载，还有很多十几种基础的分析，包括二硫键，氢键，蛋白包埋，是否有二级结构变化等等。3.2 VarSite网...