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免费开源版(非Edu版)PyMOL安装教程

估计很多人担心Pymol是商业软件而不敢使用,我们先看pymol官网的一句话,PyMOL: A molecular visualization system on an open source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外,其他都是需要付费购买的。目前从网络上...

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教程:Pymol, Chimera预测点突变蛋白结构

单个氨基酸的变化有可能会剧烈的影响蛋白的活性和功能,除了通过X-ray实验的方法以外。用软件来预测点突变蛋白的结构,解释其功能的变化/无变化,是最常见的蛋白结构分析的工具。接下来我们会通过一个实际的点突变例子来介绍操作方法。范例蛋白名称:BARNASE, 点突变E73WWT蛋白PDB编号:1b27序列:>1b27:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEAQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGKLPGKS...

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多肽序列转SMILES及格式转换、RDKit安装及简单使用

我们在做分子对接,特别是蛋白与多肽小分子对接的时候需要准备多肽分子的结构文件才能用于后续的对接操作。我们可以利用ChemDraw等软件来完成这个操作,但是这类软件一般都是商业软件,需要付费。为此,前不久我们写了一款在线工具,用来在线免费的将多肽序列转换成SMILES,有了SMILES就很容易转换成.sdf或者pdb等格式了。这款在线工具支持20种L型自然氨基酸以及D型氨基酸,同时支持各种成环方式,包括首尾成环,二硫键成环等7种成环方式。在线工具地址:多肽序列转SMILES用法很简单,可以参考页面...

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蛋白与蛋白之间的分子对接(ZDOCK)

本文主要讲述基于ZDOCK算法的蛋白与蛋白之间的分子对接基本过程。ZDOCK算法是提供2个蛋白结构的刚体对接,并根据配体位置对pose进行聚类。该方法还可以利用ZRANK分数对对接的pose进行排序。开始对接之前需要考虑以下几个因素:1.       如果受体或者配体蛋白中有确实的原子或者残基,需要补全。a)         如果缺失的原子或残基在蛋白质表面...

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如何评价晶体结构的质量?什么是R值和R-free值?

PDB数据库中发布的结构中大约有88%是来自X射线晶体学方法,这些模型的质量差异很大,但是鲜有错误的或者伪造的。通常,模型的质量由模型的分辨率,R值,尤其是Free R表示。可以从PDB Reports获得有关模型质量的有用信息,包括Ramachandran图。分辨率是衡量收集的X光衍射数据质量的一个指标。毋庸置疑,分辨率越好,最终得到的原子模型自然也越可信。由于分辨率分映了分子堆叠的无序性,很大程度上由蛋白分子本身的性质、结晶条件所决定。因此,在有限资源的情况下,不可能去无限的追求分辨率的提高...

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什么是分辨率?分辨率与晶体结构质量的关系是什么?

分辨率在结构解析中,是对应于最小可观察特征的距离:如果两个对象比该距离更近,它们将显示为一个组合的blob,而不是两个单独的对象。截止目前(2019年11月),PDB数据库中最高分辨率为0.48埃,该结构ID为:5D8V和3NIR。下图1中展示了不同分辨率结构中的酪氨酸,在高分辨率的时候,每个原子都有一个blob,而低分辨率的时候blob和blob之间会连在一块。图1图2用x射线晶体学或低温电子显微镜进行结构测定可得到电子密度图(图2绿色所示)。在电子密度图的指导下,原子模型(如图所示)被建立起...

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什么是晶体结构模型中的温度因子(B因子)?它反映了什么?

在晶体学中,原子位置的不确定性随着蛋白质晶体的无序而增加。这种无序主要有2方面,静态的和动态。分辨率代表所有原子的平均不确定度。相反,温度值(也称为温度系数或B系数)可量化每个原子的不确定性。在蛋白质晶体的典型分辨率下(无法从B值中区分出占有率),一个高的温度值反映了低的电子密度。通常温度值在30平方埃以下,说明其位置是可信的;当温度因子高于60平方埃,则表示无序。温度值记录在原子坐标文件中。 在PDB文件格式中,它是每个ATOM和HETATM记录中的最后一个数字值(第61-66列)。 ...

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结构生物学常见问题解答(FAQ)

1. DMSO影响结晶吗?影响,尽量不要用DMSO。2. 糖基化和磷酸化都影响结晶吗?磷酸化不太影响,糖基化影响比较大。但是糖基化修饰蛋白要不要去糖得试了才知道,不是说去糖就一定更好。3. 结构生物学预算:结构一般的预算就是文章影响因子每1分10万。4. 衍射数据处理,用HKL3000/2000对数据处理,不解析结构, 价格是多少?价格是2500元,交付.sca和.log文件。5. 分子对接方式对于蛋白和小分子对接:Autodock vina 对接;对于蛋白和蛋白分子对接:我们用ZDOCK交付结...

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Pymol插件管理报错的解决办法

Pymol插件管理(plugin manager)报错,现象大致为:Error: 1TypeError Exception in Tk callback  Function: <function addPluginManagerMenuItem.<locals>.plugin_managerat 0x0000019192E818C8> (type: <class 'function'>)  Args: ()Traceback...

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PDB数据库简介

PDB数据库是一个数据中心,主要包含:原子坐标,蛋白质结构的其他信息和除蛋白以外生物大分子的信息。结构生物学家使用诸如X射线晶体学,NMR光谱和冷冻电镜等方法来确定每个原子在分子中相对于彼此的位置。他们会提交此结构信息,然后由wwPDB对其进行批注并公开发布到数据库中。不断增长的PDB反映了全世界实验室正在积极的开展结构生物学的研究。庞大的数据让科学家在使用PDB数据库的时候既有趣又充满了挑战。生命的中心过程中涉及的许多蛋白质和核酸都有可用的结构,因此您可以去PDB档案库查找核糖体,致癌基因,药...

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