纽普生物

2019-nCov Mpro虚拟筛选寻找潜在抑制剂

已有研究表明,新型肺炎冠状病毒3CL水解酶可能成为抗新型冠状病毒药物的一个研究靶点。针对2019-nCov Mpro我们试图通过虚拟筛选寻找潜在抑制剂。

本文数据打包下载

用到的软件

Autodock VinaPymol

结构建模

2019-nCov Mpro蛋白序列:

SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIR

KSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNG

SPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGN

FYGPFVDRQTAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYE

PLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSALLEDEFTPFDVVRQC

SGVTFQ

截止我们在做本次筛选之时,依然没有见到2019-nCov Mpro晶体结构模型的公开报道。因此,我们通过I-TASSER软件先完成2019-nCov Mpro的结构建模。

结合口袋的确定

PDB数据库中有多个2019-nCov Mpro同源结构与抑制剂的复合物结构,比如2GTB2A5K。根据2019-nCov Mpro2GTB2A5K的结构比对确定结合口袋残基主要为:25T26T,27L,41H,42V,44C,49M,52,54Y,140F,141L,142N,143G,144S,145C,163H,164H,165M,166E,167L,168P,172H,185F,187D,188R,189Q,190T,192Q,193A。口袋中心:(78.562.480.5),口袋大小设置为:(303030

小分子库的准备

我们以DrugBank获批的药物做为筛选库(2639种)进行筛选。

筛选结果

对筛选结果我们按照对接能量升序排列,取前20结果进行分析,结果见下表。

配体ID

对接分数(kcal/mol)

配体名称

作用

DB00602

-10.01

Ivermectin

一种广谱抗寄生虫药

DB00320

-9.27

Dihydroergotamine

用作血管收缩剂,特别是用于偏头痛的治疗。

DB09297

-9.23

Paritaprevir

抗病毒药物,作为联合治疗的一部分,用于治疗慢性丙型肝炎

DB13345

-9.14

Dihydroergocristine

已被证明对记忆和认知有影响

DB01396

-9.11

Digitoxin

用于治疗和管理充血性心功能不全、心律失常和心力衰竭。

DB11273

-9.1

Dihydroergocornine

一种具有很强降血压作用的麦角化合物

DB00646

-9.07

Nystatin

一种多烯类抗真菌药物,具有广谱杀真菌和抑菌活性,对多种酵母菌和真菌,尤其是念珠菌属真菌有明显的抑制作用

DB09027

-9.03

Ledipasvir

一种直接作用抗病毒药物(DAA),作为联合治疗的一部分用于治疗慢性丙型肝炎

DB00872

-9.01

Conivaptan

一种抗利尿激素(血管加压素)的非肽抑制剂。

DB00421

-8.98

Spironolactone

具有抗雄激素活性

DB11275

-8.9

Epicriptine

具有多巴胺受体的激动作用

DB00696

-8.81

Ergotamine

它是一种α-1选择性肾上腺素能激动剂,常用于偏头痛的治疗。

DB06595

-8.81

Midostaurin

一种多靶点激酶抑制剂,用于治疗新诊断的急性髓系白血病(AML)成年患者

DB01126

-8.78

Dutasteride

治疗良性前列腺增生(BPH)

DB11581

-8.76

Venetoclax

用于治疗慢性淋巴细胞白血病(CLL)和某些类型的小淋巴细胞淋巴瘤

DB08871

-8.74

Eribulin

一种微管抑制剂,用于治疗转移性乳腺癌患者

DB00390

-8.73

Digoxin

地高辛是目前使用的最古老的心血管药物之一。

DB09074

-8.72

Olaparib

多聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)酶的抑制剂,包括PARP1、PARP2和PARP3。

DB11691

-8.72

Naldemedine

治疗便秘,是一种阿片受体拮抗剂

DB00762

-8.71

Irinotecan

是一种主要用于结直肠癌治疗的抗肿瘤酶抑制剂。

对前10名结果用pymol作图,如下:

1#

1.png

2#

2.png

3#

3.png

4#

4.png

5#

5.png

6#

6.png

7#

7.png

8#

8.png

9#

9.png

10#

10.png

Souce: 纽普生物    2020-02-02