纽普生物

蛋白质结构生物学服务(晶体学)

蛋白质及其复合物三维结构的测定是生物研究最重要的科学基础之一,蛋白质晶体学也被广泛用于基于结构的新药设计和酶的分子设计、改造。

服务总览

纽普可提供一站式结构生物学服务,您仅需提供您需要表达的基因序列/cDNA模板,我们帮您从基因设计开始、优化基因、基因合成、亚克隆、再进行蛋白表达及可溶性测试、大规模蛋白质制备,结晶筛选,结晶优化,X-ray数据收集,结构解析,到最后提交数据到PDB,并协助文论撰写。

服务价格 10-15万元(共结晶项目另行商议)
项目周期 2-6个月
项目承诺 不成功0收费
结晶数据符合Protein Date Bank (PDB)数据提交标准
符合文章发表标准: R free低于0.3, R work低于0.25

服务优势

  • 无预付,不成功0收费
  • 客户独享知识产权
  • 从基因到蛋白质结构交付及协助论文写作,全程打包
  • 多个蛋白质表达制备系统,包括大肠杆菌,人HEK293细胞及昆虫表达系统
  • 全自动、高通量、大规模蛋白结晶筛选
  • 依托上海同步辐射光源,数据收集更快,数据质量更好。

服务流程

结构生物学服务流程

项目时间(2-6个月)

步骤 实验内容 实验时间 备注
1 基因合成/亚克隆 1-2周 客户提供cDNA质粒或者我们优化基因序列后基因合成
2 蛋白表达和纯化 2-4周 可以提交蛋白给客户,进行功能活性测试
3 蛋白质晶体条件高通量筛选 2-8 周 商业化筛选试剂盒,Wizard机器人筛选
4 蛋白质同步辐射衍射数据收集 1-4周 上海同步辐射光源数据收集
5 A. 蛋白质-化合物共结晶;B. Fragment筛选 2-8周 建议提供ITC, Biacore测试的化合物结合常数
6 蛋白质晶体数据解析 根据具体项目商定 分子置换,重金属置换相位解析

团队成员及能力

结构生物学团队由来自中科院生物物理所、英国约克大学、美国凯斯西储大学、中科院生化所结构生物学方向博士和硕士组成。团队负责人博后期间,每年提交结构数据约20个,经验十分丰富。

交付数据

1.       重组蛋白表达数据:

  • 1.1    质粒构建:载体,克隆位点,测序结果

  • 1.2    蛋白表达:菌株;表达条件(温度、时间、诱导剂浓度);

  • 1.3    蛋白纯化:纯化方法;纯化过程简述;SDS-PAGE

2.       结晶数据:

  • 2.1    蛋白结晶:蛋白浓度;蛋白缓冲液;结晶方法;结晶温度;结晶条件

  • 2.2    数据收集:冻干保护剂;X-光光源类型;波长;检测器;数据处理软件

  • 2.3    相位解析:解析方法;软件名称

  • 2.4    建模及修正:软件名称

2.5    结构参数,如下

Data collection and refinement statistics

Data   collection
  Wavelength (Å)
  Space group
  Cell dimensions
    a, b, c (Å)
    α, β, γ (°)
  Resolution (Å)
  Rmeas   (%)
  Rmrgd-F (%)
  I / σI
  Completeness   (%)
  Multiplicity
  Reflections
  Unique   reflections
Refinement
  Resolution (Å)
  No. reflections
  Rwork   / Rfree
  No. atoms
    Protein
    Ligand/ion
    Water
  B-factors
    Protein
    Ligand/ion
    Water
Ramachandran
  Favored (%)
  Allowed (%)
  Outlier (%)
R.m.s.   deviations
  Bond lengths   (Å)
  Bond angles (°)

3.       结构数据

  • 3.1蛋白质结构数据文件(.PDB文件)

  • 3.2  wwPDB X-ray结构验证报告

  • 3.3  结构解析的过程中产生的.sca, .log, .mtz文件

成功案例

南京科研客户,纽普生物在3个月左右时间完成了从蛋白表达一直到结构交付的全部过程。

  • 2016.10.10    签订合同
  • 2016.11.13    成功制备蛋白 (>95%纯度,包涵体变复性)
  • 2016.11.27    筛到蛋白晶体,优化结晶条件
  • 2016.12.29    上海光源收集晶体数据
  • 2017.01.04    结构解析完成,分辨率1.7埃,Rwork=0.13,Rfree=0.162

扩展阅读:

结构生物学简介、应用及方法

几种测定生物大分子结构的方法

X射线晶体学之蛋白结晶

X射线晶体学的研究步骤

结构修正与结构评价指标

蛋白质结构与功能研究技术路线