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免费开源版(非Edu版)PyMOL安装教程

估计很多人担心Pymol是商业软件而不敢使用,我们先看pymol官网的一句话,PyMOL: A molecular visualization system on an open source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.

Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外,其他都是需要付费购买的。目前从网络上下载的Edu版的pymol有很多功能限制,对于要发表文章需要图片渲染等高级功能的用户来说极为不便。本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程,适用于window系统32位和64位系统,PyMOL 有2.1,2.3和2.4.0a0等版本。

Window系统的pymol运行需要依赖python环境,PMW模块。

而Pymol的安装是通过一个python包(Python Wheels)安装的,因此在开始之前,我们需要根据系统的位数(32位还是64位)以及python的版本来选择pymol包进行下载。

Windows系统位数

Python版本

2.7

3.5

3.6

3.7

3.8

32位

pymol-2.1.0-cp27-cp27m-win32.whl

pymol-2.3.0-cp35-cp35m-win32.whl

pymol-2.3.0-cp36-cp36m-win32.whl

pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win32.whl



pymol-2.4.0a0-cp35-cp35m-win32.whl

pymol-2.4.0a0-cp36-cp36m-win32.whl

pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win32.whl

pymol-2.4.0a0-cp38-cp38m-win32.whl

64位

pymol-2.1.0-cp27-cp27m-win_amd64.whl

pymol-2.3.0-cp35-cp35m-win_amd64.whl

pymol-2.3.0-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl



pymol-2.4.0a0-cp35-cp35m-win_amd64.whl

pymol-2.4.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

pymol-2.4.0a0-cp38-cp38m-win_amd64.whl

比方说,系统是windows 64位,系统中有python 3.7(或者打算安装python 3.7),那么我们就可以有2个选择,可以选择下载pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl,对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4.

如果有更新的pymol包,可以到这个网址进行查看:https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol

好了,背景已经介绍完了,现在进入实操。

1.       安装python环境

1.0     如果系统中已经有了python环境,则跳过这一步。可以通过命令行:python –V来查看python的版本号。

cmd.png

ver.png

1.1     进入python官网下载windows版的安装包,网址:https://www.python.org/downloads/

1.2     注意的是下载的安装包要和windows系统位数对应,x86对应的是32位系统;x86-64对应的是64位系统,我们就以python 3.7为例,由于我们的系统是64位的,所以下载的安装包为:Windows x86-64 executable installer

1.3     下载完成后,双击进行安装,记得勾选上Add Python to environment variables,不然后续命令行操作会出现问题。

1.4     如果安装成功,Win+R,cmd进入命令行,键入python –V就可以看到python的版本号,同时也说明安装成功。如果报错“python不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件。”那么说明python的地址没有加入环境变量。

2.       安装PMW

命令行键入:python -m pip install pmw

提示说成功安装pmw,Successfully installed pmw-2.0.1

pmw.png

3.       下载并安装pymol包

3.1 根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载,放在某个磁盘根目录。在这里,我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl,并放在D:/根目录。

3.2 命令行下,将盘符切换到D:盘,键入命令:python -m pip  install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

提示安装成功

whl.png

4.       完成,找到pymol主程序的位置

 本文中pymol的主程序地址为:C:\Users\admin\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Scripts\pymol.exe

其中红色背景部分应该会与不同电脑设置及python版本相一致。

最终pymol打开的效果图:

face.png


Souce: 纽普生物    2019-06-12