·导语·

非编码RNAs（ncRNAs） 种类颇丰：rRNA、tRNA、snoRNA、miRNA、lncRNA······我们曾经相信，ncRNAs只是制造转录mRNA时没有作用的副产 品，然而逐渐发现了它们对基因调控的关键作用，或为其他蛋白质和RNA提供了一个支架，但对这些ncRNAs如何相互作用以及控制细胞功能所知甚少，偶尔 掀开了其裙角却发现它还穿着N条打底裤······

对ncRNAs研究限制的最大因素是缺乏可以使用的RNAs互作方法，《Molecular Cell》上最新的一篇论文介绍了研究进行ncRNAs的系统功能分析，捕捉不同RNA分子之间的相互作用的新技术LIGR-seq。当两个RNA分子有相匹配的序列时，它们会像尼龙搭扣一样粘在一起。然后，将成对的RNA结构从细胞移除，并采用最先进的测序方法进行分析，以精确地确定粘在一起的RNA。或许正是我们所需要的。

LIGR-seq技术总览

(A) LIGR-seq protocol原理图

 

细胞与AMT（可以嵌入RNA二倍体）一起孵育，365 nm的紫外光辐射。RNA提取后使用DNase1处理, 去除rRNA；接下来，使用S1核酸酶消化RNA生成的末端可以与circRNA连接酶的连接反应兼容。使用RNase R富集交联的 RNA，254 nm的紫外光辐射逆转交联。平行处理的对照样本以不添加AMT或者连接酶的方式处理。

(B) 对RNA-RNA嵌合阅读框显著性检测和打分的“Aligater”分析方法原理图

(C) 嵌合阅读框比例代表着+AMT VS–AMT s样本中显著的RNA-RAN相互作用， +AMT样本中观察到的相互作用显著高于–AMT s样本。

(D) “观察到的/预测的”+AMT VS-AMT样本中相互作用显著性（蓝色）和非显著性（黄色）的Log倍数比例相关性。在+AMT样本中，“观察到的/预测的比例（OE）”高于-AMT样本。

LIGRseq检测优势

• 你不需要通过芯片等常规方法预选RNA，就能看到在细胞中整体发生了什么，以及它们是怎样影响细胞功能的；

• 可以观察发生在活细胞内的RNA相互作用

 

本文LIGR-seq数据揭示了小核仁RNA(snoRNA)和mRNAs之间的相互作用，来控制靶标mRNA的稳态水平。所以通过该方法，我们可以揭示出snoRNA直接影响哪些mRNA，从而影响蛋白质的表达和丰度，从而在细胞生物学中添加了一个新的控制水平。未来研究人员将利用这个方法在不同细胞、组织、疾病进展阶段和物种类型中检测RNA的表达丰度，进一步促进我们对多种转录涉及的ncRNAs角色理解，让我们拭目以待。

 

参考文献：Global Mapping of Human RNA-RNA Interactions

Souce: 解螺旋    2016-07-08