如何使用Oligo软件设计引物纽普生物

作者：解螺旋·猫大

PCR引物要怎么设计才好呢？对于引物设计，猫大的口号是：

两大要求，一个对策！！！

Oligo6

你值得拥有

好，废话少说，我们开始。

首先，鼠标点击图标打开Oligo 6软件，出现一个标着“select Codon Usage Database”的对话框，不用管它，直接点取消，于是出现如下界面：

软件界面看着非常简单，菜单条只有四个选项，菜单条下面是一些快捷按钮，还有一些按钮是灰色的、按不动的。实际上，随着不同的操作，菜单选项和快捷按钮是会出现变化的。强大的功能就隐藏在这些变化的选项中。

要设计PCR引物，我们必须要有目的基因序列。这个序列在哪输进去呢？很简单，点击按钮，在打开的空白框里，我们可以把目的基因序列贴上去。比如，我们把人TP53基因（AB082923.1）的CDS区贴进去，就变成下面这样，同时可以发现菜单条选项忽然就变了变了变了。。。

点击可以把贴进去的序列保存成seq文件。这里我们把这段序列命名为TP53。点击菜单第二个选项“Accept/Discard”，选中“Accept”，出现如下界面，而且菜单选项又变了变了变了。。。

在这个界面里出现了两个框，一个标着ΔG，一个标着Tm。标着Tm字样的这个框框左下部有两个按钮，分别写着“Upper”和“Lower”。Upper——Upper Primer，Lower——Lower Primer，好像跟引物有那么点关系。。。事实是，真的很有关系。。。所以设计引物我们只要看标Tm的那个框就好了。

PCR引物的长度为15-30bp，最常用23、24bp，我们可以先把需要的引物长度设定好。怎么设定呢？

点击菜单的“Change”选项，选中“Current Oligo Length”，弹出如下对话框：

填入数字24，点OK，引物的长度就设定好了。这时候软件默认你接下来选中的引物长度是24bp。

然后我们就用“肉眼”去搜索引物。

Tm图上标着3条平行的虚线，我们要寻找的是Tm值位于第2和第3条线之间的碱基，就是下图红色框的范围。

鼠标点击742bp处，碱基序列上的长方形框就会随着鼠标移动至742bp处，然后点击“Upper”按钮，字母颜色就变成红色，此时已经选中742bp处的序列为上游引物，同理选中下游引物（如果想更改下游引物长度，可以在选中下游引物前进去change选项里改，如果不改的话，那这里的下游引物长度就还是24bp），点击菜单“Analyze”选项选中“PCR”，即弹出这对引物的各项参数，如下图：