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懒人福音,分分钟搞定qPCR引物设计

作者:解螺旋.流氓兔 解螺旋原创 作为资深分子生物学菜鸟,qPCR一直是心中的痛。从RNA抽提到逆转录再到加样以及数据分析,好像每一步都可以让整个实验挂掉。引物设计是非常重要的一个环节,之前解螺旋也给大家分享了多种引物设计的软件以及方法,在解螺旋的公众号下回复“21”可看到《告别菜鸟——设计PCR引物“一招鲜”》,此文介绍了引物设计的原理以及如何在NCBI上查找序列再运用PP6等软件设计引物;回复“318”可看到《如何用primer-blast设计和验证引物》,此文推荐了NCBI的一...

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一文总结LncRNA研究思路

作者:解螺旋.老谈 解螺旋原创 lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,很多人看到lncRNA的热点还没有过去,经常会问老谈如果没有相关的工作基础,如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪假衣,研究的大方向是这样子的: 1. 寻找到lncRNA分子 2. lncRNA分子表型研究 3. lncRNA通过何种机制调节表型? 老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程...

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mTOR的生理功能与疾病

作者:解螺旋.蛋炒饭 解螺旋原创 从上期内容我们知道,mTORC1受到的来自机体营养和生长信号的调节方式,也正体现了mTORC1的代谢枢纽的作用。(回复0815查看上期内容)。机体要进行正常的生命活动,必须要在稳态平衡的状态下有序进行,当外界条件有一定变化时,机体能够通过迅速调整避免不必要的浪费或伤害 实际上,从它的代谢调节方式上就可以很方便的理解mTOR的生理方面的功能。rapamycin的长期给药也会让mTORC2的活性受到抑制,其实也并不难理解,当rapamycin长期抑...

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当我们在用磷酸化抗体做WB时,应该注意什么?

作者:解螺旋.子非鱼 解螺旋原创 “我的WB又没有杂出来,太桑心了” “哇靠你的WB又没有杂出来,用掉多少抗体了,还买进口的!” “哇靠你的WB又没有杂出来,却一直一轮又一轮的占用着蛋白电泳仪,我等到黄花都谢了!” 麦子说,这些声音贯穿了她整个研究生生涯,WB,虐了她无数遍,然而凤凰涅盘然后浴火重生,她从WB中参悟到了正确应对失败的人生道理。而在正确应对失败的同时,我们也要学会如何避免失败。小鱼今天给大家分享一下在用磷酸化抗体做WB时,应该注意些什么。 1.警惕内部...

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破解肝脏组织再生的细胞来源之谜

作者:解螺旋.大厨 解螺旋原创 摘要:长久以来,肝脏组织再生的细胞来源问题一直是个未解的谜团。通过采用细胞谱系示踪法,即利用响应Wnt信号的Axin2转基因小鼠,作者发现了一群位于肝脏中央静脉周围、具有增殖和自我更新能力的Axin2阳性细胞。这类细胞表达肝祖细胞标志物Tbx3,并且能够从二倍体状态分化为Tbx3阴性的、成熟的多倍体肝细胞,从而维持肝脏的自我更新。此外,位于这类Axin2阳性细胞周边的中央静脉血管内皮细胞可以提供Wnt信号,从而为这类肝干细胞提供良好的微环境。因此,本文...

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肿瘤君和免疫君的持久战与游击战!

作者:解螺旋.流氓兔 解螺旋原创 今天我们来看一下肿瘤微环境中另一个重要组成部分,也是肿瘤君在体内的头号杀手——免疫系统。免疫系统是个训练有素的部队,不同兵种分工合作,维护机体的的安宁与和平。 想想肿瘤君也挺不容易的,和我们一样,从出生开始,就面临着衣食住行的问题。而且鉴于肿瘤君并非合法居民,即使解决了温饱,还要注意不被正规的武装部队咔嚓掉。这些时刻在体内游走的哨兵,一天24h都在监测那些蠢蠢欲动的“非自己人”。 除了生长增殖(血管形成)、具备转移潜能外(黏附分子及基质金属...

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比Cas9/sgRNA更优的基因编辑系统NgAgo/gDNA的原理详解

基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。 CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。 在CRISPR/Cas9系统中,酶Cas9在DNA靶位点上进行切割,其中这种靶位点是这样确定的:一种被称作CRISPR RNA(crRNA)的RNA分子利用它的一部分序列与另一种被称作...

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qPCR常见问题分析

无 Ct 值出现 检测荧光信号的步骤有误:一般 SG 法采用 72℃ 延伸时采集,Taqman 法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。 引物或探针降解:可通过 PAGE 电泳检测其完整性。 模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。 模板降解:避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。 Ct 值出现过晚(Ct >38) 扩增效率低:反应条件不够优化。设计更好的引物或探针,改用三步法进行反应。适当降低退火温...

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TRIzol法提取RNA、DNA、蛋白质常见问题及解决

TRIZOL试剂操作上的简单性允许同时处理多个的样品。所有的操作可以在一小时内完成。TRIZOL抽提的总RNA能够避免DNA和蛋白的污染。故而能够作RNA 印迹分析、斑点杂交、poly(A)+ 选择、体外翻译、RNA酶保护分析和分子克隆。并且利用DNA、RNA和蛋白质在不同溶液中的溶解性质,可以通过分层分别将不同层中的RNA(上层)、DNA(中层)、蛋白质(下层)分离纯化出来。本文总结了一些提取中常见的问题。 RNA的提取常见问题 得率低:   ...

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细胞凋亡检测方法汇总

细胞凋亡检测方法多种多样,下文带你了解,助你选择适合自己的一种 定性和定量研究 只定性的研究方法:常规琼脂糖凝胶电泳、脉冲场倒转琼脂糖凝胶电泳、形态学观察(普通光学显微镜、透射电镜、荧光显微镜)进行定量或半定量的研究方法:各种流式细胞仪方法、原位末端标记法、ELISA定量琼脂糖凝胶电泳。 区分凋亡和坏死 可将二者区分开的方法:琼脂糖凝胶电泳,形态学观察(透射电镜是是区分凋亡和坏死最可靠的方法),Hoechst33342/PI双染色法流式细胞仪检测,AnnexinV/PI双染...

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