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linux下pymol找不到BLOSUM62问题

运行pymol的align命令时报错:Match-Error: unable to open matrix file '/usr/lib/python2.7/dist-packages/pymol/data/pymol/matrices/BLOSUM62'.经查询/usr/lib/python2.7/dist-packages/pymol/文件夹下不存在data目录,而且BLOSUM62也确实存在,不过位置是在:/usr/share/pymol/data/pymol/matric...

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结构生物学常见问题解答2(FAQ)

1. X射线晶体衍射解结构需要的软件:1.1 原始数据处理:HKL3000、 MOSFLM 、 XDS等1.2 解结构:CCP4, COOT, Phenix, CNS,ARP/wARP等2. 冷冻电镜重构需要用到的软件:2.1. 图片格式转化:IMOD;2.2. 矫正卷积:Motioncorr;2.3. 去未对焦偏移图片:CTFFFIND3 2.4. 选择范围,组装处理:RELION 2.5. 结构组装:UCSF Chimera3. 蛋白结构预测用的在线工具:推荐使用:I-T...

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IC50、pIC50、EC50、ED50、Ki、Kd、KD、Ka、Km、Kon、Koff概念辨析

IC50:半抑制浓度(或称半抑制率),即IC50,对指定的生物过程(或该过程中的某个组分比如酶、受体、细胞等)抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度。药学中用于表征拮抗剂(antagonist)在体外实验(in vitro)中的拮抗能力。pIC50:pIC50=-log(IC50)EC50:是指在特定暴露时间后,能达到50%最大生物效应对应的药物、抗体或者毒素等的浓度。药学中除了用于表征体外实验中(in vitro)激动剂(agonist)的激活能力外,还可用于表示达到体内(in vivo)最大生...

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ZDOCK抗原蛋白与抗体刚性对接案例研究

在蛋白与蛋白对接软件中,有两款基于快速傅里叶转换(FFT)的刚性对接软件:ZDOCK和PIPER。由于在线版的ZDOCK不会用到ZRANK重排序和聚类分析,我们就以ZDOCK为基础,结合ZRANK和聚类分析看看对挑选模型有没有帮助。 目标模型:6JBT,是PD-1与Fab的复合物结构,分辨率:2.47Å 计算过程: 从6JBT模型中分离Fab与PD1,分别保存为lig.pdb和rec.pdb。对抗原和抗体分子进行处理(去HETAT...

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Vina、DOCK6和Rosetta在蛋白与小分子对接中准确性简单比较

Autodock Vina和DOCK6是两个广泛应用的开源免费分子对接软件,有着相当高的准确性。Rosetta是计算生物学皇冠上的一颗璀璨明珠(State of Art),也是人类通往全新蛋白设计的巴别塔,实力自然不容小觑。我们就简单的比较下Vina、DOCK6和Rosetta三款软件用于蛋白与小分子对接的准确性。对接的难度随着可旋转键数的增加而呈指数级增加。假设配体分子每个旋转键有3种可能的状态,那么25个旋转键将会产生8.5*10^11种可能构象,在有限的计算资源和时间内搜索到较优构象的概率...

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2019-nCov Mpro虚拟筛选寻找潜在抑制剂

已有研究表明,新型肺炎冠状病毒3CL水解酶可能成为抗新型冠状病毒药物的一个研究靶点。针对2019-nCov Mpro我们试图通过虚拟筛选寻找潜在抑制剂。 本文数据打包下载 用到的软件 Autodock Vina,Pymol 结构建模 2019-nCov Mpro蛋白序列: SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIR ...

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SwissSidechain中旋转异构体缩写及全称

SwissSidechain包含了230种非标准氨基酸的gromacs和CHARMM的拓扑文件。在引入非标准氨基酸突变及分子动力学模拟中有极大的应用。为了方便查阅SwissSidechain的残基缩写所指代的真正内容,故整理下表: 缩写 指代内容 ...

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预测蛋白点突变对功能影响的在线工具(Part-1)

研究蛋白点突变带来的结构改变,最好的自然是通过实验手段得到突变蛋白的结构。但是初期的研究,或者无法实验得到结构的蛋白,各式在线工具都可以方便的进行分析和预测,不需要学习专业的软件就可以得到非常漂亮,直观的数据。 本文以human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7),V55F点突变为例子,通过8大类在线工具,全方位分析突变可能的影响。 第一类,预测点突变是有害突变还是中性。 注意只能用于SNP错义突变,其他比如缺失,插入...

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预测蛋白点突变对功能影响的在线工具(Part-2)

我们继续来花式研究human PD-L1 (Uniprot: Q9NZQ7),V55F点突变对蛋白功能的影响。所采用的结构为PDB: 5JDS第三类,获取突变蛋白的结构文件及综合分析3.1 Missense3D网站:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/还是同样的填PDB编号或者上传5JDS.pdb结构文件,3分钟以后就得到了突变蛋白结构,可以直接下载,还有很多十几种基础的分析,包括二硫键,氢键,蛋白包埋,是否有二级结构变化等等。3.2 VarSite网...

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