蛋白位突变协同效应分析

突变协同效应分析工具:先按效果方向筛选出排名靠前的单点突变(top-N),再对其中所有位点对运行 epistatic 连体网络,比较"实际双点突变 ddG"与"两个单点 ddG 相加"的差异,识别协同(synergistic)与拮抗(antagonistic)突变组合。

输出包含每个位点对的单点 ddG、加性 ddG、epistatic ddG、协同值(synergy = epistatic - additive)和交互类型。协同值为负(稳定方向)或为正(去稳定方向)时标记为 synergistic。

1. 上传蛋白质结构文件 (PDB / mmCIF):


3. 协同分析参数:

top-N 单点突变: 取效果排名前 N 的单点突变做两两分析(2-50)
效果方向:
CA-CA 距离上限: Å 只分析两个突变位点 CA 间距 ≤ 此值的位点对



参考文献

  • Dieckhaus H, Kuhlman B. Protein stability models fail to capture epistatic interactions of double point mutations. Protein Sci. 2025 Jan;34(1):e70003. doi: 10.1002/pro.70003. PMID: 39704075; PMCID: PMC11659742.