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蛋白酶消化工具

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特异性消化目的蛋白底物

该工具可模拟蛋白质分解酶的水解行为。其主要目的是预测肽类底物的水解结果。

该工具目前为39种酶/试剂建立了消化模型。这种模型有些简单化，因为它们主要是基于正则表达式的，并没有考虑到动力学/温度效应、溶剂可及表面积、二级或三级结构元素等细微的因素。

目前使用的酶/试剂有:

  • Alcalase（碱性内切蛋白酶）
  • Arg-C proteinase（梭菌蛋白酶，精氨酸残基的C末端进行剪切）
  • Asp-N endopeptidase（Asp-N胞内蛋白酶，特异水解Asp的氨基端）
  • Asp-N endopeptidase + N-terminal Glu
  • BNPS-Skatole
  • Caspase1（胱天蛋白酶1）
  • Caspase2（胱天蛋白酶2）
  • Caspase3（胱天蛋白酶3）
  • Caspase4（胱天蛋白酶4）
  • Caspase5（胱天蛋白酶5）
  • Caspase6（胱天蛋白酶6）
  • Caspase7（胱天蛋白酶7）
  • Caspase8（胱天蛋白酶8）
  • Caspase9（胱天蛋白酶9）
  • Caspase10（胱天蛋白酶10）
  • Chymotrypsin（糜蛋白酶）-高特异性 (C-term to [FYW], not before P)
  • Chymotrypsin（糜蛋白酶）-低特异性 (C-term to [FYWML], not before P)
  • Clostripain（梭菌肽酶B）
  • CNBr
  • 肠激酶
  • Factor Xa
  • Formic acid（甲酸）
  • Glutamyl endopeptidase（谷氨酰内肽酶）
  • Granzyme B（颗粒酶B）
  • Hydroxylamine（羟胺）
  • HCl
  • Iodosobenzoic acid（碘苯甲酸）
  • LysC（内切蛋白酶Lys-C，切割赖氨酸的羧基端）
  • LysN（内切蛋白酶Lys-N，切割赖氨酸的氨基端）
  • NTCB (2-nitro-5-thiocyanobenzoic acid)
  • Pepsin (pH1.3)（胃蛋白酶）
  • Pepsin (pH>2)（胃蛋白酶）
  • Proline-endopeptidase（脯氨酰内肽酶）
  • Proteinase K（蛋白酶K，切割脂族氨基酸和芳香族氨基酸的羧基端）
  • Staphylococcal peptidase I（葡萄球菌肽酶I）
  • Thermolysin（嗜热菌蛋白酶）
  • Thrombin（凝血酶）
  • Tobacco etch virus protease（烟草花叶病毒蛋白酶）
  • Trypsin（胰蛋白酶）