寡核苷酸(引物)计算器
该工具计算寡核苷酸的退火温度(Tm)，分子量 (MW), 消光系数(OD/μmol, μg/OD)。
请在下面的文本框中输入寡核苷酸的序列.
1. 寡核苷酸的序列:
全长:0
核酸在260 nm的消光系数
该计算工具基于近邻模型及文献报道的参数1,2. 详细参数可以参见下表，这些参数是在260nm、中性pH条件下获得的。计算得到的消光系数误差在4%左右（260nm，中性pH条件下）.
DNA和RNA寡聚核苷酸的消光系数 [liter/(mol.cm)].
| DNA | RNA | ||
|---|---|---|---|
| 核苷酸 | 消光系数 | 核苷酸 | 消光系数 |
| pdA | 15400 | pA | 15400 |
| pdC | 7400 | pC | 7200 |
| pdG | 11500 | pG | 11500 |
| pdT | 8700 | pU | 9900 |
| dApdA | 27400 | ApA | 27400 |
| dApdC | 21200 | ApC | 21000 |
| dApdG | 25000 | ApG | 25000 |
| dApdT | 22800 | ApU | 24000 |
| dCpdA | 21200 | CpA | 21000 |
| dCpdC | 14600 | CpC | 14200 |
| dCpdG | 18000 | CpG | 17800 |
| dCpdT | 15200 | CpU | 16200 |
| dGpdA | 25200 | GpA | 25200 |
| dGpdC | 17600 | GpC | 17400 |
| dGpdG | 21600 | GpG | 21600 |
| dGpdT | 20000 | GpU | 21200 |
| dTpdA | 23400 | UpA | 24600 |
| dTpdC | 16200 | UpC | 17200 |
| dTpdG | 19000 | UpG | 20000 |
| dTpdT | 16800 | UpU | 19600 |
消光系数通常用来计算核酸分子的浓度（Lambert-Beer law）
浓度(mol/l) = A260nm/(ε * pathlength(cm))
退火温度(Tm) 的计算
对于长度小于14nt的oligo来说，计算公式：3: Tm = (nA + nT)*2 + (nG + nC)*4
对于长度大于13nt的oligo来说，计算公式：Tm= 64.9 +41*(nG + nC - 16.4)/(nA + nT + nG + nC)
公式中n为序列中A,T,C,G各自的数量.
分子量的计算
DNA 分子量 (这里特指合成的DNA引物. 计算过程中假定5'没有单磷酸)
分子量 = (An x 313.21) + (Tn x 304.2) + (Cn x 289.18) + (Gn x 329.21) - 61.96
An, Tn, Cn, 和 Gn 分别是A,T,C,G的数量
References
- 1. Cantor C.R., Warshaw M.M., and Shapiro H. (1970) Oligonucleotide interactions. III. Circular dichroism studies of the conformation of deoxyoligonucleotides, Biopolymers 9, 1059-1077.
- 2. Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.
- 3. MARMUR J, DOTY P. Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid from its thermal denaturation temperature. J Mol Biol. 1962
- 4. Wallace,R.B., Shaffer,J., Murphy,R.F., Bonner,J., Hirose,T., and Itakura,K. (1979) Nucleic Acids Res 6:3543-3557