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多序列比对及可视化(MSAVis)

MUSCLE（MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation）是一款高效的多序列比对工具，专门用于蛋白质和核酸序列的精确比对分析。

核心特点

  • 高精度算法：采用渐进式比对策略，精度显著优于ClustalW2和T-Coffee
  • 快速处理：优化的算法设计，处理速度比传统工具提升3-5倍
  • 智能优化：自动迭代优化比对结果，确保最佳比对质量
  • 广泛兼容：支持蛋白质、DNA、RNA等多种序列类型

可视化功能

  • 多种颜色方案：提供多种专业配色方案，包括Clustal、Taylor、Zappo等经典方案
  • 灵活显示选项：支持网格线、共识序列、序列排序等多种显示模式
  • 自定义范围：可指定显示的序列位置范围，便于局部分析
  • 智能换行：支持自定义换行长度和间距，适应不同显示需求
  • SVG输出：生成高质量矢量图形，支持无损缩放和下载

1. 输入FASTA格式序列（蛋白/核酸，最多100条，不超过1MB）:

序列条数:0

字符长度:0

使用指南

输入要求

  • 格式要求：标准FASTA格式，每个序列以">"开头，后跟序列标识符
  • 序列数量：支持2-100条序列，建议3条以上获得更好的比对效果
  • 文件大小：总输入不超过1MB，单条序列建议不超过10,000个残基
  • 字符处理：自动过滤空格和非标准字符，支持大小写混合输入
  • 序列类型：自动识别蛋白质、DNA、RNA序列类型

参数说明

颜色方案
  • Clustal：经典配色，按氨基酸化学性质分类
  • Taylor：基于氨基酸物理化学性质的配色
  • Zappo：按氨基酸侧链性质分组配色
  • Hydrophobicity：按疏水性强度渐变配色
  • Nucleotide：专用于核酸序列的配色方案
显示选项
  • 显示网格线：添加网格线便于位置定位
  • 显示共识序列：在底部显示保守性统计
  • 序列排序：按相似性自动排序序列
  • 位置范围：指定显示的起始和结束位置
  • 换行设置：控制每行显示的残基数量

算法特点

MUSCLE采用三阶段渐进式比对策略：
第一阶段：快速距离估算和引导树构建
第二阶段：渐进式比对生成初始多序列比对
第三阶段：迭代优化提高比对精度

参考文献

主要文献：
Edgar RC. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Research. 2004;32(5):1792-1797. DOI: 10.1093/nar/gkh340