对不同物种的同源序列进行比较，是重建物种及其基因组中基因的进化史的重要方法。
环形DNA序列比对工具可以应用在包括质粒、线粒体DNA（mtDNA）、圆形细菌染色体、cccDNA (covalently closed circular DNA)、叶绿体DNA（cpDNA）和其他质体在内的环状核酸分子的序列比对。
环状DNA
环状DNA包括质粒、cccDNA（病毒在宿主细胞核内所形成的共价闭环DNA）、环状细菌染色体、线粒体DNA、叶绿体DNA在内的环状DNA（circular DNA，circDNA）是线性DNA的表亲，但与后者相比，还处于待了解阶段。
工具特点
- 自动链方向检测：无需手动判断正反链，程序会自动识别并反向互补需要翻转的序列。
- 环状起点自动选择：不需要预先指定 origin，程序会根据共有保守块自动选择每条序列的线性化起点。
- 支持 IUPAC 简并碱基：R/Y/S/W/K/M/B/D/H/V/N 按标准碱基兼容规则参与比对和统计。
- 结果双重输出：可下载 FASTA 比对结果用于后续分析，也可下载 SVG 矢量图用于论文、报告或网页展示。
- 环形可视化：SVG 同时展示保守性、gap 频率、每条序列的 gap 分布、序列方向和 rotation。
- 浏览器内下载：比对完成后可直接在浏览器中下载结果，无需额外软件。