残基性质比对上色以FASTA或者GCG格式的比对序列作为input，并对比对结果进行上色。该程序会对每一个残基进行检查，并和相同列的其他残基进行比较，如果残基相同或者相似，那么给以彩色的背景，颜色的选择与残基的性质有关。