残基性质比对上色以FASTA或者GCG格式的比对序列作为input,并对比对结果进行上色。该程序会对每一个残基进行检查,并和相同列的其他残基进行比较,如果残基相同或者相似,那么给以彩色的背景,颜色的选择与残基的性质有关。