蛋白溶剂可及表面积计算器

上传蛋白质结构模型(支持 .pdb 与 .cif,最大 10 MB),使用 FreeSASA 计算溶剂可及表面积(SASA,solvent-accessible surface area)。结果包括总 SASA、极性/非极性面积、各链贡献、逐残基 SASA 明细(可按链筛选、搜索、排序和分页),以及本次计算使用的参数。

利用该工具也可以估算复合物中各个亚基之间的接触面积:分别上传 A、B、AB 的结构,计算 SA、SB、SAB,则界面面积约为 SA + SB - SAB。

1. 上传结构文件(.pdb / .cif,≤ 10 MB)



关于 SASA

蛋白质表面特征是分析蛋白质结构和生物功能的重要工具。在蛋白质折叠过程中,疏水基团倾向于埋藏在分子内部;通过研究溶剂可及表面积,可以获得蛋白质折叠、疏水性以及分子间相互作用等信息。可及表面积(ASA / SASA)是溶剂可接触的生物分子表面积,通常以平方埃(Å2)为单位。ASA 由 Lee 与 Richards 于 1971 年首次描述,也常使用 Shrake 与 Rupley 在 1973 年提出的“滚球”算法计算;本工具默认采用 Lee & Richards 算法与 ProtOr 原子半径,探针半径 1.4 Å。

SASA 会受结构模型质量、缺失残基、氢原子处理方式、配体/水分子是否保留以及原子半径参数的影响,因此不同工具得到的结果可能存在差异,比较时请保持参数一致。

方法与引用

计算由 FreeSASA 完成(Lee & Richards 算法、ProtOr 原子半径、探针半径 1.4 Å、20 个切片)。如果本工具对您的研究有帮助,请引用 FreeSASA 原始文献:

Simon Mitternacht (2016) FreeSASA: An open source C library for solvent accessible surface area calculations. F1000Research 5:189. (doi: 10.12688/f1000research.7931.1)

相对 SASA(REL)表示该残基在当前构象中的 SASA 相对于其在高分子模型中的参考值的百分比,可用于判断残基的暴露程度;不同残基类型的参考值不同。