AbMPNN 是一款基于深度学习的抗体逆折叠模型,专为抗体序列设计而优化。它利用抗体的三维骨架结构信息,高效预测能够折叠成目标构象的氨基酸序列,尤其擅长处理高度多样化的 CDRH3 区域。
相比通用蛋白设计模型,AbMPNN 在序列恢复率、结构鲁棒性和抗体框架可识别性上均有显著提升。模型经过大规模抗体结构数据与序列库的精细调优,能够生成稳定、可设计且具有天然抗体特征的候选序列。
上传 PDB 或 mmCIF 格式的蛋白质结构文件,系统将自动解析链信息。选择需要设计的链并设置参数后,模型将生成多条优化的氨基酸序列,并给出每条序列的评分(score = -log_prob,越低越好)与序列恢复率。
参考文献
- arXiv:2310.19513