白质组学定性技术详解纽普生物

作者：解螺旋.APT

前言
之前我们一直告诉大家，基于质谱的蛋白质组学可高大上了：一次实验能够输出上千级别的数据量；能够更好的区分蛋白质的亚型及修饰变化；不受抗体的限制...学以致用，今天就给大家上蛋白质组学定性技术实际应用的介绍！

蛋白质定性分析是什么？其实就是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。质谱技术具有较好的灵敏度、分辨率、准确度，随着质谱技术的不断发展和成熟，利用质谱法进行蛋白质定性分析愈来愈广泛！

完整的全长蛋白如何定性？电泳条带中的蛋白又如何呢？相应的，蛋白质定性分析可以被分为两种策略：

(1) top-down分析策略：完整的全长蛋白质经过离子化后进入质量分析器，通过测定蛋白质离子质量和串联质谱分析鉴定蛋白质序列。

(2) bottom-up分析策略：存在于溶液或者凝胶电泳条带中的蛋白质经过蛋白酶（如胰蛋白酶）酶解消化成较小肽段片段，这些肽段再进入质量分析器。最后通过肽指纹图谱或者串联质谱法进行肽段鉴定，该方法是通过对肽段序列的鉴定推断蛋白质序列。

目前，bottom-up分析策略被更广泛的应用于蛋白质定性分析工作。

蛋白质全谱分析指的是组分分析，研究对象是完整的组织、体液或其提取物，其目的在于鉴定出尽可能多的肽和蛋白质分子。

将溶液内蛋白质分子或SDS-PAGE条带的复杂混合物酶解成肽段混合物，通过液相色谱分离，如2D-LC（阳离子柱SCX和C18反相柱串联）或1D-LC的C18反相柱。串联质谱测试，最后用相应的数据库进行检索匹配，可同时鉴定成百上千种蛋白质。

利用LC-ESI-MS/MS蛋白鉴定技术对胶条样本（即SDS-PAGE样本）、IP、co-IP、Pull-down等纯化溶液等中等复杂样本进行蛋白鉴定。

利用MALDI-TOF/TOF蛋白鉴定技术对考/银染的2D或DIGE胶点样本或者较纯的蛋白样本进行蛋白鉴定。

2015-07-22